С упадком античной цивилизации и образованием в Европе варварских государств, криптография пришла в упадок. В условиях, когда грамотность была крайне низка, зашифровывать сообщения не было необходимости, да и самих письменных сообщений практически не было. Только в период позднего средневековья криптография начинает постепенно возрождаться, становясь одним из важнейших инструментов политики, дипломатии и военного дела. Неудивительно, что лидерство в области криптографии долгое время принадлежало папской курии, имевшей активные дипломатические связи и привлекавшей к своей работе образованнейших людей того времени. Так старейшим ключом в Западной Европе, дошедшим до нас, является ключ для корреспондентов антипапы Климентия VII, изготовленный его секретарем Габриэли Лавинде.  Криптанализ систематически разрабатывался арабами в VII-XII вв., однако эти работы лишь недавно были возвращены в научный оборот, а Европе в период раннего Возрождения пришлось самостоятельно переоткрывать и статистический анализ буквенно-слогового состава текста, и научный криптанализ. Неизвестно, была ли тесная связь между развитием европейской и восточной криптографии. Безусловно, подобного рода контакты могли происходить в Испании и во время Крестовых походов, но утверждать, что европейская криптология в то время использовала арабский опыт нельзя. Труды Калкандаши не были переведены с арабского языка и, по всей видимости, прямой связи европейской криптографии с восточной нет. Кроме того, если на востоке криптография была скорее частью лингвистики, то в Европе она была ближе к математике и естественным наукам, что также определило ее специфику. В эпоху Возрождения в итальянских городах-государствах стали расцветать науки и ремесла. Шифры применяются не только государственной или церковной властью, но и учеными для защиты приоритета научных открытий (Галилей). В XIV веке появляется книга Чикко Симонетти, сотрудника канцелярии папской курии. В разработке криптанализа и криптографических методов принимали участие Леон Альберти, Фрэнсис Бэкон, Джованни Баттиста Белазо, Иоанн Тритемиус и др., а позже - Джероламо Кардано, Блез де Виженер и другие знаменитые ученые и инженеры. Основной сферой применения полученных ими результатов была военно-дипломатическая (и отчасти сфера крупной торговли и финансов), а основными заказчиками - правители. Понятно, что последние не горели желанием поддерживать академическую свободу в столь щекотливом предмете, как обеспечение секретности переписки правящих дворов. Однако дух космополитической «республики ученых» был неудержим и неизбежно выливался в примечательные события - например, в публикацию аббатом Тритемиусом в 1518 году «Полиграфии» - первого печатного труда по криптографии, содержащего свод криптографических и криптаналитических приемов. В отличие от Тритемиуса венецианский криптоаналитик Джованни Соро был практиком криптографического дела. Именно он начал первым готовить профессиональные кадры для криптографии. Воскресить смешанные алфавиты, которые применял Альберти, и объединить идеи Альберти с идеями Тритемиуса и Белазо в современную концепцию многоалфавитной замены выпало на долю итальянца Джованни де ла Порта. Нельзя не упомянуть в историческом обзоре имени Матео Ардженти, работавшего в области криптографии в начале XVII в. Вообще же в XVI–XVII веке криптографические службы складываются практически в каждом европейском государстве, причем в состав этих служб входила научная элита того времени: Франсуа Виет во Франции, Джероламо Кардано в Риме, Джон Валлис и Френсис Бэкон в Англии, Лейбниц в Германии.  VII век называют эрой «черных кабинетов», поскольку в этот период создаются дешифровальные службы. Так, в Англии Оливер Кромвель создает «Интеллиженс сервис» --- разведывательную службу, в которой появляется дешифровальное отделение. В середине XVII века к дешифровальной работе привлекается известный математик Джон Валлис. Во Франции при Людовике XIV по предложению кадинала Ришелье создается дешифровальное отделение, которое возглавил Антуан Россиньоль. Россиньолю принадлежит доктрина: стойкость военного шифра должна быть такой, чтобы обеспечить секретность донесения в течение срока, необходимого для выполнения приказа. Стойкость дипломатического шифра должна обеспечивать секретность в течение нескольких десятков лет. Россиньоль разработал дипломатический шифр, представляющий собой слогово-словарный код на 600 величин. В Германии в это время также создается дешифровальное отделение, которое возглавляет граф Гронсфельд. Ему принадлежит усовершенствование шифра Виженера, заключающееся в том, что вместо буквенного лозунга применяется цифровой, а значение цифры в лозунге означает число шагов, на которое надо сдвинуть букву открытого текста вправо по алфавиту в стандартной записи. Данный шифр получил широкое распространение благодаря простоте применения. Таким образом, дешифровальные подразделения становятся обычным делом.